對於中藥毒副作用的忽視，導致社會上形成了中藥無毒副作用的認識誤區，中藥中毒的事例漸增。
2003年出現的馬兜鈴酸事件，使我國的一些中藥、中成藥被歐美國家所禁止。1998年10月至今，衛生部中日友好醫院已經收治近70例馬兜鈴酸腎病患者，解放軍302醫院也陸續收治不少中藥藥物性肝炎患者。然而在馬兜鈴酸事件以前，不少中醫師對於“木通一次口服10克即有可能引起中毒”並不知曉。
事實上，由於一段時間以來大部分中醫人員並沒有系統學習過中藥的毒理學，因而處方用藥一般不太考慮中藥的毒性作用，也不知所開中藥單方、復方中哪些藥物有毒性作用、毒性表現有哪些。因此，在中醫師和普通民眾中普及中藥毒性知識是當前提高科學用藥水平，避免中藥毒性的重要策略。
做到對中藥毒性心中有數
要提高中藥應用的安全性，就必須做到生產廠家、自購藥的患者和開處方的中醫師對中藥的毒性心中有數。研究人員目前已對常見的100多種中草藥的藥理、毒理進行了初步的研究，但是這還不夠，還遠遠滯後於中藥市場和中藥應用空間的擴展。目前臨床常見的3000多種中草藥中，90%以上的藥理、毒理尚未明確。中醫藥要生存和發展，必須加強研究，搞清中藥，尤其是常用中藥的毒副作用。中醫執業醫師考試中也應該加入中藥毒副作用的相關內容，甚至有必要單考一門中藥毒理，這樣每一個執業醫師對於中藥的毒性作用才可以做到心中有數。
許多中成藥都含有有毒的中草藥，但是其說明書並未標示。例如牛黃解毒片、小活絡丹、六神丸、安宮牛黃丸等常用中成藥都具有一定的毒副作用。牛黃解毒片和安宮牛黃丸中都含有雄黃和朱砂，雄黃主要含有氧化砷，朱砂含有硫化汞，這兩種成分都可引起消化系統和神經系統的損害，並可引起過敏反應，常見的過敏反應為皮疹、發熱等，汞毒性腎病也不少見。六神丸中的蟾酥，小活絡丹中的川烏、草烏都是毒性藥物。因此，中成藥生產廠家應該在說明書中標明所含毒性中藥有哪些、毒性成分是什麼、毒副反應的臨床表現是什麼、如何救治等。
在藥事管理方面，首先要做到處方權的法律化和規范化。處方應使用全國統一的中藥處方，由衛生部統一印發、統一發配，使用處方的人員應是具有國家衛生部頒發的具有中醫行醫資格的執業醫師。
另外，應對中藥的安全性進行劃分。目前常見的中草藥達3000多種，其中有食品一類的，諸如大棗、桂圓肉等，也有劇毒藥物，諸如斑蝥、馬錢子、蟾酥等等，其安全性差異很大。因此有必要學習古人做法，將中藥毒性或安全性劃分為幾類。
毒性作用明顯者，應該劃歸為限制處方用藥(紅色處方)，正規醫院申請使用，使用時應有主任醫師以上人員簽字;對於有一定毒性的藥物，應規定使用的合法劑量、用藥范圍和時間。
應用毒性中藥不必因噎廢食
不少中藥具有毒性，使用不當危害巨大，但是如果能夠科學應用，反而可能起到很好的治療作用。能否恰當、科學地使用好此類中藥，是衡量一個醫生醫術高低的重要標准。例如中藥馬錢子主要含有的生物鹼為番木鱉鹼(士的寧)，中毒劑量可以破壞脊髓反射活動的正常及交互抑制過程，使伸肌和屈肌同時強直性收縮;嚴重中毒時，可導致延髓麻痺、呼吸及心髒被抑制而出現呼吸麻痺、窒息及心衰。但是若炮制得當、使用合理，馬錢子可以治療多種疾病。
中藥使用除以《中華人民共和國藥典》為權威、為法律依據外，臨床應遵循以下原則大膽使用。
首先，病證對路，合理配伍，注意用法。臨床不少疑難雜症，只靠四平八穩的中藥往往難以奏效，此時應該想到使用性猛作用強的毒性中藥，使用時嚴格按照《中華人民共和國藥典》的使用說明操作，遵循中藥配伍原則。例如癌症患者使用蟾酥、斑蝥、鴉膽子等毒性中藥，使用時不要采用原藥材，而要采用炮制後或提純後的藥物成分甲基斑蝥胺、葫蘆素、鉤吻鹼;附子有毒，配伍甘草使用，可以減輕其毒性，而且對於附子、烏頭等，先煎、久煮也可降低其毒性。
其次，不泥古訓，創新攻堅。例如，中醫傳統認為使用細辛不過一錢(3克)，其實未必。不過一錢主要指細辛入散劑時，劑量不能過錢，但是入煎劑時，其揮發油揮發後毒性減低，治療痛證、痺證時，煎劑的劑量一定要加大。
再次，炮制得法，減輕毒性。有毒中藥依法炮制是減毒的必要措施，如生半夏有毒，但用生姜、明礬制後，其毒性減低，止嘔效果更好;甘遂、大戟、芫花用醋制後，毒性減低。而且，在應用有毒中藥時應目標明確，中病即止。有不少中藥有蓄積毒性作用，如朱砂、苦杏仁、桃仁、郁李仁等，使用這一類藥物時應適可而止，中病即止。
