而且，重要的是，如果水洗的話，很可能會降低藥效。首先，一些中藥的有效成分為水溶性，如多糖、苷類、酸、鹼等，用水洗這些成分會流失而降低藥效。其次，有些飲片在炮制過程中會加入醋、酒、蜜等輔料，以增強藥效或降低毒性，而這些輔料都是水溶性的，煎前水洗會將這些輔料沖走。
再次，有些中藥呈粉末狀，如蒲黃；還有的在配藥時被搗碎，如杏仁，一經水洗，會使藥物流失。還有，車前子等飲片很輕，會浮在水面上，容易被沖走。
此外，有時在藥湯中見到懸浮物，那是中藥裡被分離出的有效成分，只需攪勻就可以飲用了
