黃連，性苦寒，歸心肝胃大腸經，可以清熱燥濕，瀉火解毒，在清熱燥濕方面，在中焦方面有很好的療效，重點在胃腸，常用於治療大腸濕熱，濕熱痢疾。
黃連，它重點也是除了廣泛可以用於比如剛才的淋證，濕溫病也有用黃連的，濕溫、暑濕，淋證，黃疸等等濕熱瘡疹都能用。但是它的重點在胃腸，尤其是大腸濕熱，大腸濕熱最常見的就是濕熱痢疾。所以黃連是中醫治療濕熱痢疾的最重要的一個藥物，或者說是一個首選的藥物。
《神農本草經》所載的藥物歷用不衰，用之有驗，就舉了黃連之例，就是治療的痢疾。中醫對痢疾的認識它既可以稱為濕熱痢疾，也可以稱為熱毒痢疾，因為痢疾本身它屬於熱毒證，有的還有比較明顯的相互傳染的情況。比如疫毒痢，症狀還重，所以有時候還叫做熱毒痢。但是痢疾的排洩物穢臭，符合中醫濕熱致病的（特點），所以把它叫做濕熱痢疾。所以這兩種稱呼實際上都可以，只是從不同的角度來談它的病因。黃連呢，清熱燥濕，清熱解毒的作用對於痢疾都相當好，所以一直從《神農本草經》開始，治療痢疾，黃連就是經常選用的，或者首先選用的一個藥。
最簡單的就是香連丸，黃連和木香。因為痢疾有裡急後重，裡急後重呢，就是想排便又不通暢，一種很難受的下墜的緊迫感。至於治療這個呢，主要是大腸的氣滯，加一點木香呢，行氣導滯，有利於緩解裡急後重的症狀。那麼痢疾呢，有便下膿血，便下膿血就有瘀滯，有時候還可以加一點活血化瘀、活血止痛的藥。所以前人說治療痢疾行氣則後重除，活血則膿便愈。也就是說以黃連這一類藥為主的同時，可以適當的少量的配伍一點行氣活血的藥物來使用。所以黃連在眾多的濕熱病證當中，它特征最顯著的就是濕熱痢疾多選用。當然如果是胃脘有濕熱引起的痞滿，黃連也比其他兩味藥用得多一些。就是它重點在胃腸，尤其是大腸為主。
