普濟消毒飲主要用於大頭瘟，病機是外來溫熱疫毒侵犯，本身一般有蘊熱基礎，造成熱毒搏結氣血，成為大頭瘟，普濟消毒飲治療這種內外均熱的傳染病有很好的效果。
病機有內外兩種因素，內在有蘊熱體質因素，外來的傳染因素，現在認為病毒感染，有種風熱疫毒，傳染性很強，也很快，風熱疫毒感受，外邪偏於風熱，它傳染性強，叫做疫毒(現代稱病毒感染)。流行性腮腺炎這類。中醫把它稱為大頭瘟。它由於外來病發於上，壅於上焦，發於頭面。那就是說在頭面風熱疫毒，搏結氣血，腐敗血肉。初期可以紅腫熱痛，非常燙，所以說它紅腫焮痛。初起階段，由於有外邪因素，有一定的寒熱，這個熱毒形成紅腫熱痛，腫勢很厲害。所以目不能開，咽喉不利。那疼痛非常劇烈的，小孩子發生這個，疼痛非常劇烈，碰不得，一碰要哭要鬧。這些年來，這類病開始少了，但是有些地方還在發生。一發生具有明顯的流行性。
由於病毒感染，中醫治療的確有它的長處，療效是確實的。由於風熱疫毒引起，所以它典型的舌脈是有熱像，明顯的熱像。這種治療，它有兩類不同情況，初起階段：以紅腫熱痛為主，局部發燙，有一定寒熱，腫脹還比較硬。這個階段既要疏散、解毒，疏散風熱疫毒，外來之邪要散了，同時清解熱毒，造成搏結氣血的根本原因，這個為主。後期，逐漸化膿，以後可以破潰，還結合外科治療。
這類用中藥及時治療，大多數可以不使它留下一些後果。這個病的發生過程，完整的來看，七到十天就結束了。但是如果破潰以後，往往留個疤。現代這個比較少了。
