清胃散可以清胃涼血，清胃熱是核心。君藥為黃連，可以清胃瀉火，燥濕，升麻可以清熱解毒，疏散郁熱，引經，臣藥生地，涼血，養陰，丹皮，涼血，清血分的郁熱，養血，活血散瘀，佐藥當歸，活血止痛。
黃連升麻的配伍意義，是方解的重點。黃連擅長於清胃熱，清降胃火。燥濕，有助於像牙龈潰爛，唇舌腮頰腫痛這類消腫。升麻升陽散火，使胃中積熱能散。化火上炎的火得降，黃連升麻配伍有這個意義。分工合作，相輔相成。但是胃中積熱，單用黃連降，加重這種積熱，胃熱循經上炎，用升麻散，有可能助它的烈焰升騰，助它上炎之勢。而兩者配伍，又有相制相成。除了分工合作，相輔相成，還有相制相成的作用。黃連的苦降，得升麻之散，可以涼而不郁，不至於閉郁中焦氣機。而升麻的散，得黃連的降呢，不至於幫助它的化火上攻，能助它烈焰升騰。
升麻入脾胃的，除了升陽散火，散郁熱以外，也能幫助黃連清熱解毒。還能引經，走陽明經。引經，我總認為在這方裡的意義不是太大。黃連本身就能入脾胃的。
清胃散的涼血部分是臣藥。丹皮散瘀，是防止寒涼造成這種本身牙宣血了，又加上寒涼容易冰伏，血行不暢，丹皮結合後面的當歸，既能止痛，又能夠活血。它養血，幫助生地補充陰血不足，活血來說，能夠幫助止痛，又能使全方涼而不郁。藥味雖少，體現出清胃涼血，特別是清胃熱。涼血這是它主要作用，也兼顧到胃熱傷陰。
歷來還有一個清胃散是有石膏的，原書李東垣加減的時候，加石膏，比如說面頰發熱重，熱像重可以加石膏。到了《醫方集解》，《醫方集解》把很多藥，按照他的想法固定下來，《醫方集解》清胃散，就有石膏。原方石膏不是放在裡面，只是一個變化運用時候的。
