與西醫不同的是，中醫是以整體層次上的證候為對象，以建立在哲學和系統論原理基礎上的陰陽五行為方法論，所形成的以藏象經絡和病因病機為核心的基礎理論體系。筆者在《中醫形上識》中，對中醫和西醫生物醫學的定義是這樣概括的：中醫學是研究證候及其變化規律而形成的防病治病的科學體系;如果把研究方法也包含進去，中醫學則是以陰陽五行學說的理論、方法研究證候及其變化規律而形成的防病治病的科學體系;如果從哲學和現代系統科學的角度上說，中醫學是以哲學和系統科學方法研究整體層次上的機體反應狀態所形成的防病治病的科學體系。同書對西醫生物醫學的定義是這樣概括的：以還原性科學方法，研究人的器官、組織、細胞、分子層次上的結構與功能，所形成的防病治病的科學體系。後來在“中西醫之間的公理性原則和人類醫學革命”一文中，又對中醫的科學定位補充解釋說：“中醫是哲學和系統論原理孕育的醫學科學。”
現存最早的中醫理論巨著《黃帝內經》，對其所建立的醫學理論體系是充分肯定的。比如，該書在“陰陽應象大論”裡說：“論理人形，列別藏府，端絡經脈，會通六合，各從其經;氣穴所發，各有名處;豀谷屬骨，皆有所起;分部逆從，各有條理;四時陰陽，盡有經紀;外內之應，皆有表裡”。
德國漢學家M·波克特指出：“中醫是成熟的科學，而且在兩千多年前就達到了成熟科學的水平”。這句話，絲毫沒有錯。否則，經無數醫學家之手，歷近千年之努力而形成的《黃帝內經》，是不會用“各從其經”、“各有名處”、“皆有所起”、“各有條理”、“盡有經紀”、“皆有表裡”如此堅定、明確的語詞，作自我肯定的。《黃帝內經》之後，中醫兩千多年的實踐也證明了這一點。
這裡結合本文以上各節的討論，對於中西醫之間的共同之處與不同之處，再做一些進一步的概括。中西醫之間的共同之處，可以概括為三點：1.中醫與西醫皆是科學，皆有確切、系統的、獨特的研究對象、研究方法和概念(范疇)體系;2.兩者所面對的，皆是人的生命過程中的客觀實在;3.兩者的醫學目的(或服務的對象)皆是人的健康與長壽，這個“人”皆由形上(或原形)、形下(或原質)兩方面特性相合而成。
中西醫之間的不同之處，可以概括為五點：
1.就研究對象而言：中醫研究的客觀實在是“物之事”運動、變化的過程，或者“整體大於部分之和”的整體，故著重於生命過程中整體層次上的機體反映狀態。西醫研究的客觀實在是構成人的“物之質”的形態與結構，或者“整體等於部分之和”的各個部分，故著重於生命過程中整體層下的結構及其功能。
2.就研究方向與方法而言：中醫是朝著形而上的方向進行探索，著重運用了系統(綜合)性的研究方法——把“人”視之為因天道生成的“天然之物”，從整體層次上的“物之事”出發，一步一步地探求其形上性的生成、變化的原理和規律;西醫是朝著形而下的方向進行探索，著重運用了還原(分析)性的研究方法——把“人”視之為可以主觀地拆開與組合的器具，從整體層次下的“物之質”出發，一層一層地探求其各個細節的結構以及功能。
3.就各自理論體系的形成以及概念、語詞的邏輯學特點而言：中醫理論體系的形成著重運用了綜合—演繹的邏輯方法，其名詞術語基本上屬於抽象概念(或類比概念)，以“像什麼”來揭示其概念內涵;西醫理論體系的形成著重運用了分析—歸納的邏輯方法，其名詞術語基本上是具體概念(或實體概念)，以“是什麼”來揭示其概念內涵。
4.就科學的一般性分類而言：中醫屬於哲學體系之下的醫學科學，或者哲學與系統論原理孕育下的醫學科學;西醫屬於物理學、化學體系之下的醫學科學。
5.就中、西醫以上四條“不同之處”而言：這兩種醫學是科學范式彼此不同的醫學體系，在基礎理論上，彼此是不可通約性的關系，在醫療實踐上，彼此是並存、並重，優勢互補的關系;兩者之間絕不是一者輕、一者重，一者古、一者新的關系，也不是一者落後、一者先進，一者科學、一者不科學的問題。
以上所講的“中西醫之間的共同之處”與“不同之處”，當屬於從不同角度上對中西醫科學定位的總結和概括。
